在X射線熒光分析儀中，隨著高度精密、穩定儀器的出現與發展，基體效應已成為元素定量測定中分析誤差的主要來源。所謂基體效應，全面說來，是指樣品的基本化學組成和物理-化學狀態的變化，對分析射線強度所造成的影響。樣品的基本化學組成，通常指包括分析元素在內的主量元素；樣品的物理-化學狀態，則應包括固體粉末的粒度、樣品表面的光潔度或粗糙度、樣品的均勻性以及元素在樣品中存在的化學態等。因此，基體效應大致上可以分為兩類：

 1)吸收與激發(增強)效應

① 原級入射線進人樣品時所受的吸收效應；

② 熒光譜線出射時受樣品的吸收或分析元素受樣品中其它元素的激發效應；

③ 第三級的激發效應。

以上各級吸收和激發效應，都隨著樣品基體化學組成的差異而發生變化。

 2)其它物理化學效應

① 樣品的均勻性、粒度和表面效應；

② 化學態的變化對分析線強度的影響。

以上兩類物理-化學效應，尤其是前者，時常也會給分析線強度的測量帶來重大誤差。

 一、吸收與激發效應

對一給定元素的某一吸收限的短波側，質量衰減系數pm迅速地隨著波長λ的增加而變大，根據式μm=Kλm及勒魯的研究結果，對于若干主要譜系，在0.18-10A的波段，λ的冪值m變化在2.1~2.8之間。因此越是接近吸收限短波側的譜線，所受的吸收或衰減就越大。而且，對一譜系，由于km隨的變化是連續的，故在樣品中發生的吸收與激發效應亦隨譜線的波長而連續地變化，直到波長增加到某一吸收限，質量衰減系數pm才發生陡然的變化。

X射線熒光分析儀在吸收和激發效應中，最主要的是，原級入射線進入樣品時所受到的吸收效應和熒光譜線出射時受樣品的吸收或分析元素受其他元素的繼發效應。對于化學組成不同的樣品，當分析元素含量相同時，吸收和激發效應表現在對同一分析線的強度影響上，首先是由于樣品對原級入射線和分析線的聯合質量衰減系數的差異造成的。

二、粒度效應

在熒光強度的推導公式中，假設的樣品都是均勻且表面光滑的。但是實際上只有液體樣品或經過充分拋光的純金屬或某些合金樣品才能滿足這些條件。對于其他固體樣品特別是粉末樣品常常存在著樣品不均勻及粒度效應和表面效應。

均勻樣品，對于固體粉末樣品來說是指粉末的粒度和化學組成完全相同的樣品。實驗表明這種樣品在給定的壓緊份數下，粒度越小，熒光譜線的強度越高。對于給定的粒度來說，壓力越大，即壓緊份數越小，熒光譜線強度也越高。而不均勻樣品則不同，在不均勻樣品中，存在著各種不同的粒度或化學組成的顆粒，影響熒光譜線強度的因素會較復雜。

三、表面效應

樣品表面狀態和熒光譜線強度的關系不可忽視。當樣品是由磨料、鋸料或鋒料制成大小一定的塊狀物體時，其表面必須經過適當的磨平或拋光。

X射線熒光分析儀譜線強度不僅與樣品的表面構造和紋溝的性質有關，而且也受樣品位置、紋溝和進出X射線方向影響。對于后者，可以通過測量過程中同時轉動樣品減少或消除，如不能轉動則應使紋溝的方向與入射和出射線所成的平面平行。